独立审计准则是规范审计行为的权威性标准，其建立目的是促使注册会计师独立、客观、公正地按统一的执业准则执行审计业务，以提高审计工作质量和执业水平，促进社会主义市场经济的健康发展。独立审计准则的制定与实施，对促进注册会计师审计工作的一蔬菜，起了十分积极的作用。然而，我国的独立审计准则体系并不完善，还存在以下一些问题。
一、独立审计基本准则中产问题
《独立审计准则》序言中规定：独立审计准则体系由独立审计基本准则、独立审计具体准则与独立审计实务公告、执业规范指南三个层次组成。按序言的表述基本准则应对具体准则和实务公告有统驭指导的作用，但笔者通过对准则的研究发现，有些并非如此，基本准则共分五部分，除总则和附则外，一般准则、外勤准则、报告准则构成了主体部分。下面就其中一般准则和报告准则的内容分别说明。
1、一般准则，在总则第2条中，独立审计被定义为“注册会计师依法接受委托，对被审计单位的会计报表及其相关资料进行独立审查并发表审计意见。”第3条规定：“本准则适用于注册会计师对任何单位会计报表及其相关资料进行的以发表审计意见为目的的独立审计。”而准则第4条规定：“独立审计的目的是对被审计单位会计报表的合法性、公允性及会计处理方法的一贯性发表审计意见。”由此带来一个问题：独立审计不但包括会计报表审计，也包括验资、盈利预测审核、破产清算审计等特殊的审计业务，这些业务也是以发表审计意见为目的，符合独立审计的定义，但它们的审计目的又显然不符合第4条的规定。审计目的既然被写入基本准则，就应适用于所有独立审计，不能对一些适用而对另一些又不适用。
2、报告准则。报告准则中的问题与一般准则很相似。报告准则第22条规定，审计报告应当说明被审计单位会计报表的编制是否符合国家有关财务会计法规的规定等。第23条规定，审计报告包括无保留意见、保留意见、否定意见和拒绝表示意见四种类型。显然，此处的审计报告特指对会计报表发表审计意见的报告，而不是针对所有审计业务而言的广义审计报告。既然准则序言和基本准则的总则中都明确了验资等特殊业务也属独立审计范围，那么，在基本准则的报告准则中，仅针对会计报表审计这种类型的审计进行指导，未免有以偏概全之嫌。
二、独立审计具体准则中的问题
1、会计报表审计准则。独立审计具体准则是依基本准则制定的注册会计师执行审计业务的具体规范。它与实务公告同处准则体系的第二层。但个体准则第1号的内容来看，它既不是审计业务的具体规范邮局不是具有指导意义的基本准则。有人认为，指导会计报表审计的具体准则内容较复杂零散，制定一个会计报表准则，有处于形成系统完整的具体准则概念，因而此准则是其他具体准则的统帅。照这样理解，具体准则第1号可以作为一个单独的层次，准则体系就不是三层而是四层了。