使用计算机，会计数据处理的速度加快了，会计核算的准确性和可靠性得到了极大的提高，减少了因疏忽大意及计算失误造成的差错。但是，也为企业的内部控制带来了许多前所未有的新问题，对企业内部控制制度造成了极大的冲击，需要建立一整套适合电算化会计系统特点的内部控制制度。
一、电算化会计系统对内部控制的特殊要求
1．计算机的使用改变了企业会计核算的环境
企业使用计算机处理会计和财务数据后，企业的会计核算的环境发生了很大的变化。一是会计部门的组成人员从原来由财务、会计专业人员组成，转变为由财务、会计专业人员和计算机数据处理系统的管理人员及计算机专家组成。二是会计部门不仅利用计算机完成基本的会计业务，还能利用计算机完成各种原先没有的或由其他部门完成的更为复杂的业务活动，如销售预测、人力资源规划等。三是随着远程通讯技术的发展，会计信息的网上实时处理成为可能，业务事项可以在远离企业的某个终端机上瞬间完成数据处理工作，原先应由会计人员处理的有关业务事项，现在可能由其他业务人员在终端机上一次完成；原先应由几个部门按预定的步骤完成的业务事项，现在可能集中在一个部门甚至一个人完成。因此，企业内部控制制度的建立和完善就显得更为重要，内部控制制度的范围和控制程序较之手工会计系统更加广泛，更加复杂。
2．电算化会计系统改变了会计凭证的形式
在电算化会计系统中，会计和财务的业务处理方法和处理程序发生了很大的变化。一是各类会计凭证和报表的生成方式、会计信息的储存方式和储存媒介也发生了变化。原先反映会计和财务处理过程的各种原始凭证、记帐凭证、汇总表、分配表、工作底稿等作为基本会计资料的书面形式的资料减少了，有些甚至消失了。二是由于电子商务、网上交易、无纸化交易等的推行，每一项交易发生时，有关该项交易的有关信息由业务人员直接输入计算机，并由计算机自动记录，原先使用的每项交易必备的各种凭证、单据被部分地取消了，
原来在核算过程中进行的各种必要的核对、审核等工作有相当一部分变为由计算机自动完成了。三是原来书面形式的各类会计凭证转变为以文件、记录形式储存在磁性介质上。因此，控制的重点由对人的控制为主转变为对人、机控制为主的，控制的程序也应当与计算机处理程序相一致。
3．计算机的使用加大了控制舞弊、犯罪的难度
由于储存在计算机磁性媒介上的数据容易被篡改，有时甚至能不留痕迹地篡改，加以数据高度集中，未经授权的人员有可能通过计算机和网络浏览全部数据文件，复制、伪造、销毁企业重要的数据，因此，计算机犯罪具有很大的隐蔽性和危害性，发现计算机舞弊和犯罪的难度较之手工会计系统更大。电算化会计系统的内部控制不仅难度大、复杂，而且还要有各种控制的计算机技术手段。与手工会计系统的内部控制制度相比较，计算机会计系统的内部控制是一个范围大、控制程序复杂的综合性控制；控制的重点为职能部门和计算机数据处理部门并重的全面控制，是人工控制和计算机自动控制相结合的多方位控制。
二、电算化会计系统内部控制的主要内容
从计算机会计系统的建立和运行过程来看，计算机会计系统的内部控制制度，可分为对系统开发和发展的控制、对各个部门的管理控制、对运行过程的日常控制。
（－）系统开发、发展控制
计算机会计系统的系统开发、发展控制包括开发前的可行性研究、资本预算、经济效益评估等工作，开发过程中的系统分析、系统设计、系统实施等工作，以及对现有系统的评估、企业发展需求，系统更新的可行性研究，更新方案的决策等工作。系统开发、发展控制的主要内容一般包括以下几方面。
1．授权和领导认可
计算机会计系统的开发项目一般投资金额都比较大，对企业整体管理目标的影响也比较大，往往需要对原有的管理体制进行较大的改革，是牵一发动全身的重大举措，因此必需得到授权和领导认可。计算机会计系统的发展和更新是对原有计算机会计系统进行重大改进，同样会对企业管理体制造成较大的影响，同时对现有计算机会计系统的任何改动都可能危及整个系统的安全可靠，因此也必需得到授权和领导认可。
2．符合标准和规范
不论是自行组织开发还是购买商品化软件，都必需遵循国家有关机关和部门制订的标准和规范。其中包括符合标准和规范的开发和审批过程、合格的开发人员或软件制造商、系统的文件资料和流程图、系统各功能模块的设计等等。按标准和规范开发和发展计算机会计系统可以使企业计算机会计系统更加可靠、更加完善，有利于对系统的维护和进一步的发展、更新。
3．人员培训
应在开发阶段就要对使用计算机会计系统的有关人员进行培训，提高这些人员对系统的认识和理解，以减少系统运行后出错的可能性。外购的商品化软件应要求软件制作公司提供足够的培训机会和时间。在系统运行前对有关人员进行的培训，不仅仅是系统的操作培训，还应包括让这些人员了解系统投入运行后新的内部控制制度，计算机会计系统运行后的新的凭证流转程序、计算机会计系统提供的高质量的会计信息的进一步利用和分析的前景等等。
4、系统转换
新的计算机会计系统在投入使用，替换原有的手工会计系统或旧的计算机会计系统，必需经过一定的转换程序。企业应在系统转换之际，采取有效的控制手段，作好各项转换的准备工作，如旧系统的结算、汇总，人员的重新配置、新系统需要的初始数据的安全导入等。在系统转换之际，需要新旧系统并行运行一段时间，以便检验新的计算机会计系统。并行运行的时间一般不少于三个月。
5、程序修改控制
软件的修改是难以避免的。对会计软件进行修改必须经过周密计划和严格记录，修改过程的每一个环节都必须设置必要的控制，修改的原因和性质应有书面形式的报告，经批准后才能实施修改，计算机会计系统的操作人员不能参与软件的修改，所有与软件修改有关的记录都应该打印后存档。
（二）管理控制
管理控制是指企业建立起一整套内控制度，以加强和完善对计算机会计系统涉及的各个部门和人员的管理和控制。管理控制包括组织机构的设置、责任划分、上机管理、档案管理、设备管理等等。
1．组织机构设置
为适应计算机会计系统的要求，原有组织机构的调整必须适合企业的实际规模，符合企业总体经营目标，并且，应按精简、合理的原则对组织机构的设置进行成本效益分析。企业可以按会计数据的不同形态，划分为数据收集输入组、数据处理组和会计信息分析组等组室；也可以按
会计岗位和工作职责划分为计算机会计主管、软件操作、审核记帐、电算维护、电算审查、数据分析等岗位。
2．职责划分
与手工会计系统一样，内部控制的关键是不相容职务的分离。在计算机会计系统中，不相容的职务主要有系统开发、发展的与系统操作；数据维护管理与电算审核；数据录入与审核记帐；系统操作与系统档案管理等。企业为防止舞弊或欺诈，应建立一整套符合职责划分原则的内部控制制度，同时，还应建立起职务轮换制度。
3．上机管理
企业应对计算机的使用建立一整套管理制度，以保证每一个工作人员和每一台计算机都只做其应该做的事情，使计算机尽可能是专用的。一般来讲，企业对用于计算机会计系统的计算机的上机管理措施应包括轮流值班制度、上机记录制度、完善的操作手册、上机时间安排等。此外，会计软件也应该有完备的操作日志文件。
4．档案管理
计算机会计系统有关的资料应及时存档，企业应建立起完善的档案制度，加强档案管理。一个合理完善的档案管理制度一般有合格的档案管理人员、完善的资料使用和归还手续、完善的标签和索引方法、安全可靠的档案保管设备等。除此之外，还应定期对所有档案进行备份的措施，并保管好这些备份。为防止档案被破坏，企业应制订出一旦档案被破坏的事件发生时的应急措施和恢复手段。企业使用的会计软件也应具有强制备份的功能和一旦系统崩溃等及时恢复到最近状态的功能。
5．设备管理
对硬件设备的管理包括对设备所处的环境进行的温度、湿度、防火、防雷击、防静电等的控制，也包括对人文环境的控制，如防止无关人员进入计算机工作区域、防止设备被盗、防止设备用于其他方面等。